윤상현 의원은 1988년 5월 14일에 입대해서 같은 날 5월 14일에 제대한 것으로 되어 있다. 계급은 '소위'이고, 전역 사유는 '복무완료'로 나온다. 어떻게 입대한 날에 소위로 복무 완료로 만기 제대하는 것이 가능했을까?
당시 석사장교 제도라는 것이 있었는데, 대학원을 마친 사람이 4개월 훈련, 2개월 전방소대장 실습만 받으면 군복무를 면제받도록 해 준 제도다. 그러니까 실질적으로는 훈련과 실습만 받을 뿐 군 복무는 하루도 하지 않고도 제대할 수 있는 제도였다. 당시 일반병의 군 복무기간이 거의 3년이었던 점을 고려하면 파격적인 대우였다.
윤 의원은 전두환 대통령의 사위였는데(현재는 이혼 후 대기업 회장 집안과 재혼), 전 대통령 재임 중인 1985년 외동딸과 청와대에서 결혼식을 올린 후 1989년 이 제도로 군복무를 대신했다. 윤 의원은 이렇게 입대와 동시에 제대를 하는 것으로 병역 의무를 때웠다.
이 석사장교 제도는 군사정권 실세 자제들의 병역 회피 수단으로 악용된 사례로 비난을 받았다. 전두환과 노태우 대통령의 아들인 전재국, 노재현씨가 이 제도를 통해 군복무를 대신한 것으로 알려졌으며, 이들을 마지막으로 폐지돼 '그들만을 위한 제도'였다는 평가를 받았다. 전두환 대통령의 사위였던 윤상현 의원이 바로 이 제도의 수혜자였던 것이다.