유비 소프트가 공개한 시놉시스에 따르면 페르시아 왕자는 그의 연인 카일리나와 함께 시간의 섬으로부터 바빌론으로 돌아온다. 평화로운 세상을 그렸던 왕자의 기대와는 달리 그의 고향은 황폐해지고 왕국은 그에게 대항한다. 그들은 왕국에 의해 곧 사로잡히고 카일리나는 왕자를 구하기 위해 자신을 희생하고 시간의 모래를 시전한다. 하지만 탈출한 왕자는 곧 발견되고 전투가 계속 되면서 그의 마음 속에서는 분노로 인한 ‘어둠의 왕자’가 싹튼다.
유비 소프트에 따르면 이번 작품에서 게이머는 일반 왕자와 어둠의 왕자, 2명의 캐릭터로 플레이하게 된다. 이들은 서로 다른 힘과 무기를 사용할 수 있으며 가치관이나 신념, 태도 또한 다르다.
페르시아 왕자 3는 전작에 비해 자유로워진 움직임과 전투를 확인할 수 있으며 마치 잡입 액션 게임 스플린터 셀처럼 잡입과 원 샷 원 킬이라는 요소가 포함돼 있다.