1969년 2월 1일, 아르헨티나 레꼰퀴스타에서 출생.
1988년, 아르헨티나 1부리그 뉴웰스올드보이스에서 데뷔, 4골 터뜨리며 팀 우승에 기여.
1989년, 리버플레이트를 거쳐 보카 주니오스로 이적.
1991년, 이탈리아 피오렌티나 입단. 이적료 230만 달러.
1992/1993시즌, 16골 터뜨리며 맹활약했지만 피오렌티나는 세리에B로 강등. 바티스투타, 세리에A 팀들의 이적 제의 모두 거절.
1993/1994시즌, 26경기 16골. 1년만에 팀을 세리에A로 되돌려놓다.
1994년 6월, 미국월드컵 그리스전에서 해트트릭.
1994/1995시즌, 시즌 개막 이후 팀이 치른 11경기에서 모두 득점. 11경기 연속골로 이탈리아 기록 경신. 32경기 26골 세리에A 득점왕.
1996년 4월, 볼리비아전에서 1골 추가해 팀의 3-1 승리를 이끎과 동시에 마라도나가 갖고 있던 아르헨티나 역대 A매치 최다골 기록(34골)과 동률을 이루다.
1996년 5월, 아탈란타와의 이탈리안컵 결승전에서 1,2차전 모두 골을 터뜨려 우승. 피오렌티나가 모든 대회를 통틀어 21년만에 처음 얻은 트로피이자 바티스투타의 9년간 피오렌티나 생활에서 유일한 우승.
1997년 4월, 바르셀로나 누캄에서 열린 UEFA컵 4강전에 동점골 작렬. 당시 골을 넣고 10만 관중을 향해 펼친 '쉿~' 세리머니는 지금까지 이탈리아 축구의 기념비적인 장면으로 남아있다.
1997년11월, 10개월만에 아르헨티나 대표팀 재발탁.
1998년 6월, 프랑스월드컵 자메이카전에서 해트트릭.
1998/1999시즌, 리그 첫 13경기에서 13골 몰아쳐 피오렌티나를 중간순위 1위에 올려놓음. 그러나 불의의 무릎부상으로 결장하는 사이 팀은 악전고투, 3위로 시즌 마감하다.
2000년 1월, 1999년 FIFA 올해의선수상 투표에서 히바우두-베컴에 이어 3위. 피오렌티나 소속으로 152골째를 터뜨려 1950년대 스웨덴 출신의 커트 함린이 갖고 있던 종전 팀내 최다골 기록을 경신하다.
2000년 5월, 시즌 마지막 경기서 해트트릭. 피오렌티나에서의 마지막 경기였던 탓에 세번째 골을 넣은 뒤 울음을 터뜨리다. 피오렌티나 통산 269경기, 168골.
2000년 여름, 3천380만 달러에 AS로마 합류.
2000/2001시즌, 20골 터뜨리며 AS로마 우승 진두지휘.
2001/2002시즌, 부상과 컨디션 난조로 극도의 부진. 불과 6골 득점.
2002년 6월, 한/일 월드컵 16강 진출 실패. 대표팀 은퇴.
2002/2003시즌, 벤치 멤버로 전락한 뒤 인터밀란으로 임대.
2003년, 카타르 알 아라비 입단.
2004년, 첫번째 풀타임 시즌 동안 25골 작렬.
2005년 3월, 무릎 부상이 심각해 구단과 상호 합의 하에 계약 종료. 선수 은퇴 선언...