최초의 S6는 직렬 5기통 2.2리터 230마력 엔진을 얹었으며, 1999년 등장한 2세대에 와서는 V8 4.2리터 5밸브

340마력으로 엔진과 출력이 대폭 업그레이드 되었다. 2세대 S6의 밑바탕이 된 모델은 초대 S6에 V8 4.2리터

326마력 엔진을 얹은 S6 플러스였는데, 이 S6 플러스의 혈통을 이어 받은 모델이 2세대 S6를 바탕으로 더욱

강력한 V8 4.2리터 트윈터보 450마력 엔진을 얹은 RS6다. 아우디 S6에서 가장 중심은 역시 새로운 엔진이다.

2005년 동경 모터쇼에서 등장한 S8에 람보르기니에서 가져온 V10 엔진을 얹은 후 이듬해 1월 디트로이트 모터쇼에서

S6에 같은 엔진을 얹었다. 하지만 차의 급을 고려하고 엔진룸의 크기차이 등을 이유로 출력은 S8의 450마력보다

15마력 낮은 435마력으로 세팅하였다. V10 DOHC FSI 5,204cc 엔진은 최고출력 435마력/6,800rpm과

최대토크 55.1kg.m/3,000~4,000rpm을 발휘한다.