1차(한일어업협정)는 박정희 군사정권시절이고, 2차(1998년 신한일어업협정)는 김대중 정부때 체결.

2005년 문화일보의 이병선 기자는 칼럼을 통해 1965년 한일어업협정에서도 군사정부에서 중간수역 지위에 해당하는 공동규

제수역으로 설정했고 신 한·일 어업협정은 김대중 정권에서 최종 타결됐지만 문제의 조항을 수용한 것은 김영삼 정권이었다

고 밝히고 있다. 이 칼럼에서는 김대중 정권에서 대화퇴 어장 등 독도 영유권과 상관이 없는 지역에 관해 협상했으며, 그것

이 그나마 어업협정 협상과정에서 가장 성공적으로 평가받는 부분이라 하고 있다.

2006년 노무현 정권은 독도를 강제관할권 배제선언을 하였고 EEZ 기점으로 선포하였다. 

2001년과 2009년 두차례에 걸쳐서 헌법재판소는 한일어업협정에 대하여 영토조항 위반을 이유로 제기된 헌법소원에 대하여

어업협정은 영토나 독도 영유권 문제와 관련이 없다는 이유로 기각 판결을 내렸다.