가까운 미래의 일본. 실업자 1천만명, 등교 거부 학생 80만명, 교내 폭력으로 순직한 교사 1200명. 실업자가 양산되고, 학생들은 학교를 파괴한다. 자신감을 잃은 어른들은 아이들을 두려워해 강력한 법률 하나를 제정한다. 이름하여 '신세기 교육 개혁법 배틀로얄'. BR법이라고도 하는 이 법률은 전국의 중학교 3학년 학급 중 무작위로 한 학급을 선발, 3일간 무인도에서 친구들끼리 실제로 서로를 죽이는 서바이벌 게임을 벌여 최후의 생존자만이 살아 돌아갈 수 있는 끔찍한 법률이다. 이번 배틀로얄의 대상으로 선정된 3학년 B반의 42명 학생들은 수학여행을 떠나는 길에 무인도로 납치되고, 어리둥절한 학생들 앞에 예전의 담임 선생이었던 기타노 선생이 등장하여 BR법과 전투 규칙에 대해 설명한다.

 BR 1의 룰. 1. 반경 10km의 무인도에서 기관총, 단검, 낫 등 각자의 무기를 가지고 서로를 죽여야 함. / 2. 목에 장착된 목걸이를 통해 중앙통제소에서 학생들의 일거수일투족을 감시하게 되며, 억지로 풀려고 하거나 수상한 짓을 하면 목걸이는 자동폭발. / 3. 시간이 지날 수록 제한구역을 늘리며 제한구역에 남아있을 경우에도 목걸이는 자동폭발. / 4.제한 시간은 3일, 오직 한 사람만이 집에 돌아갈 수 있으며, 만약 3일이 지난 후에도 우승자가 가려지지 않을 경우 전원 사살.

 이 믿을 수 없는 상황에서 기타노 선생이 떠든다는 이유로 학생의 이마에 칼을 꽂자, 학생들은 그제서야 이 끔찍한 살인극의 참가자가 되어야 한다는 사실을 깨닫게 된다. 각자의 무기를 가지고 흩어진 학생들은 이제 최후의 승자로 살아남기 위해 BR법 규칙에 따라 친구들을 죽이기 시작한다. 나나하라 슈야와 노리코 역시 냄비뚜껑과 망원경이 전부인 그들의 무기를 가지고 배틀로얄에 참가하게 된다. 나나하라는 자신의 곁에 있는 노리코를 지켜주기 위해 노력하지만 둘의 무기로는 역부족이었고, 그때 3년전 대회 우승자로 다시 배틀로얄에 참가한 카와다 쇼고가 나나하라 슈야와 노리코를 도와주면서 셋은 함께 하게 된다.

 학급의 친구들은 모두 죽고, 전 대회 우승자인 카와다 쇼고 덕분에 살아남은 나나하라 슈야와 노리코는 기타노 선생을 죽이고 섬을 탈출한다. 하지만 배틀로얄 대회도중 큰 상처를 입은 카와다 쇼고는 죽음을 맞으면서 나나하라 슈야와 노리코만이 살아남지만 기타노 선생을 죽였다는 이유로 살인죄와 살인방조죄로 지명수배를 당하게 되고, 나나하라 슈야와 노리코는 새로운 세상을 찾아 나선다.