전국의 중학교 3학년 중에서 무작위로 뽑힌 한 학급을 마지막 한명이 남을 때까지 서로 죽이게 하는 신세기 교육개혁법, 통칭 'BR법' 3일 이내에 자기 이외의 친구 모두를 죽이는 방법 외에는 살아남을 방법이 없는 극한 상황에서 살아남은 사람은 과연 그 뒤에 어떻게 되었을까? BR에서 살아남은 나나하라 슈야(후지와라 타츠야)와 나카가와 노리코(마에다 아키)가 그 섬을 탈출하고 3년. 세계는 테러의 시대로 들어선다. BR법을 시행한 국가에 대항하는 사람들에 의해 수도가 파괴되고 계속되는 혼란에 국가는 나나하라 슈야를 테러리스트의 주모자로 단정짓고 국제지명수배를 내린다.

 수도붕괴 1년 뒤. 반BR법조직 '와일드세븐'의 리더가 된 나나하라는 모든 어른을 상대로 선전포고를 하고, 이에 어른들은 나나하라를 말살하기 위해 '정의'라는 이름으로 새로운 게임인 '신세기 테러대책특별법 - 통칭BR2'를 가동시킨다. 전국의 불량학생과 문제아를 모아놓은 시카노토리데 중학교 3학년 B반의 학생 42명은 크리스마스를 맞아 스키학교로 향하던 중 군에 납치되어 군복을 강제로 입게 된 채 군의 거대한 텐트 속에 갇히는데 이들의 담임이었던 리키(RIKI, 다케우치 리키)가 나타난다. 리키는 혼란스러워하는 학생들에게 이들이 이번 'BR2'에 참가하는 학급으로 선정되었다는 사실과 BR2의 룰을 설명한다.

 BR2의 룰. 1. 외딴 섬에 본거지를 두고 있는 테러리스트 나나하라를 발견해 죽이면 승리 / 2. 제한시간 3일간 / 3. 2명이 한팀이 되어 치르는 페어 태그매치

 이렇게 해서 테러리스트와 싸워야하는 전쟁에 학생들이 강제로 투입된다. 수도의 파괴로 가족을 잃고 나나하라에 대해 복수를 다짐하는 사람과 지원하여 BR2에 참가하는 학생도 있는 상황에서 참가를 거부한 아이들이 그 자리에서 사살되고, 죽은 아이와 같은 출석번호의 아이도 새로운 룰인 '페어 태그매치'에 따라 목걸이가 폭파하여 죽는다. 그리하여 남은 '40명'의 학생들은 6척의 자동조종 보트에 태워져 최전선인 전장으로 보내진다. 격렬하게 흔들리는 보트에 필사적으로 매달려서, 파도에 온몸이 젖어가면서 겨우 섬에 상륙하자마자 테러리스트들의 공격이 시작된다! 섬광탄과 박격포가 빗발처럼 쏟아지는 속에서 필사적으로 총알을 피하는 학생들.

 하지만 전신에 총을 맞고 만신창이가 되어버린 아이, 보트에 직격으로 맞은 폭탄 때문에 공중으로 산산히 부서지는 아이들이 속출한다. 나나하라를 죽이기 위해 공격해 오는 사람들이 다름아닌 자신들과 똑 같은 학생들이라는 사실을 모르는 '와일드세븐' 조직은 BR국가에 대해 선전포고를 했던 신념에 따라 필사적으로 공격한다. 격렬한 전투 끝에 살아남은 학생은 단 '26명'. 다시 어른들에 의해 서로가 서로를 죽이게 된 나나하라와 학생들의 운명은 어떻게 될 것인가