쳴이 잠든지 얼마나 오랜시간이 지났을까 연구소의 긴급 시스템에 의해 첼은 잠에서 깨어난다.

그리고 누군가 방문을 두드리는데

휘틀리라는 인공지능 코어가 다른 실험체들은 모두 죽었고

연구소의 핵융합로가 폭발할 위기에 쳐했으며 자신과 함께 탈출하자고한다.

( 이때 같이 탈출하자는 이유는 휘틀리는 레일에서만 다닐수있기때문에 들고다닐 사람이 필요했다. )

쳴과 휘틀리는 고장난 포탈건을 찾게되고 파괴된 글라도스가 있는 방을 지나 스위치룸으로 들어오게된다.

그곳에서 탈출포드를 찾는도중 멍청한 휘틀리 새끼때문에 모든 스위치가 켜지게되는데

덕분에 글라도스의 전원도 들어오게되고 글라도스는 자신의 몸을 복구하면서

휘틀리는 집게로 짓누른뒤 구석에 던져버리고 첼은 글라도스와 다시 포탈건으로 실험을 하게된다.

( 휘틀리가 글라도스의 억양에 들리지 않게 말한다면서 병신같은 억양으로 말하는데 안들릴리 없다. )

글라도스의 실험을 진행하는 도중 휘틀리와 다시 만나게되는데 

휘틀리는 운좋게도 나노봇에게 수리를 받았었고 다시한번 탈출계획을 세운다.

그리고 얼마 지나지 않아 쳴이 글라도스의 실험을 진행하는 도중 

실험실의 불이꺼지고 쳴은 휘틀리와 함께 글라도스의 감시에서 벗어난다.

쳴과 휘틀리는 결국 탈출하려면 글라도스를 쓰러뜨릴수밖에 없었고 글라도스를 이기기 위해서

글라도스의 주무기인 터렛의 생산시설을 불량으로 바꿔놓고 신경독 탱크를 파괴한다.

신경독 탱크가 부셔지면서 튜브가 깨지면서 빨려들게되면서 글라도스의 방으로 향하게된다.

글라도스는 이런 사실도 모르고 터렛과 신경독으로 첼을 죽이려했지만 당연히 실패한다.

하지만 첼과 휘틀리도 마땅히 글라도스를 쓰러뜨릴 방법이 없었는데

그때 글라도스의 코어가 80% 손상되었다면서 코어 교체를 시작한다고 안내 메시지가 나온다.

첼은 휘틀리를 대체코어에 박고 교어교체를 거부하는 글라도스를 무시하고 교체진행 버튼을 누른다.

성공적으로 글라도스와 휘틀리의 코어가 교체되고 글라도스는 휘틀리가 감자에 쳐박게된다.

그리고 휘틀리가 첼을 밖으로 떠나보내면서 훈훈하게 이야기는 마무리 되는듯 싶었으나

갑자기 휘틀리가 정줄을 놓았는지 첼을 다시 내려오게하고 

감자도스가 휘틀리를 도발하면서 화난 휘틀리는 첼과 감자도스를 지하로 떨어뜨린다.

지하로 떨어지는 도중 첼은 감자도스에게 휘틀리의 탄생에 대한 비밀을 듣게된다.

휘틀리는 사실 연구원들이 글라도스의 살인을 막기위해 만든 억제코어중 하나였으며

그는 글라도스에 붙어서 일부러 하루종일 멍청한 생각만 하도록 설계된 코어였다.

그리고 그런놈한테 연구소의 통제권을 맡겼으니 연구소의 앞날이 창창하다.

첼과 감자도스는 지하에 추락하게되었지만 생존하고 감자도스는 새에게 납치된다.

 ( 포탈 실험의 특성상 실험체는 추락사를 방지하기위해 특수 부츠를 착용하고있다. )

첼이 떨어진곳은 에퍼쳐 사이언스의 옛날 시설들이였고

그곳에서 에퍼쳐 사이언스의 CEO인 케이브 존슨이 만들어둔 실험을 진행하게된다.

( 실험의 진행은 케이브 존슨이 녹음한 테이프로 진행됬다. )

실험을 진행하면서 다른 정신나간 테스트들도 엿들을수 잇는데 다음과 같다.

인간 사마귀, 인간의 피를 땅콩좁이나 가솔린으로 바꾸기, 몸에서 석탄이 나오게하기, 초전도체를 사람에게 실험하기

제트엔진을 이용해 인간의 수분 함유량을 20~30%로 낮추기, 몸을 여러개로 나눴다가 다시 합치기

첼은 컨트롤룸에서 새에게 파먹히고있는 감자도스를 발견하게되고 포탈건에 끼운뒤 같이 탈출하기로 한다.

( 위 스크린샷에서 처음발견한 초상화와 달리 건강이 나빠진 모습을 확인할수 있다.)

첼은 케이브 존슨이 남긴 몇가지 실험을 감자도스와 함께하면서 몇가지 사실을 알게된다.

연구소가 가난해지자 케이브 존슨은 직원들에게 실험을 하면서 이직률이 늘게됬고

가난한 연구소 사정에도 불구하고 월석이 포탈의 뛰어난 전도체인걸 알게된 케이브 존슨은 월석을 구입하고 젤로 만드는데 성공한다.

하지만 그는 월석의 치명적인 독에 중독되고 건강상태가 안좋아지기 시작한다.

건강이 안좋아진 케이브 존슨은 자신이 죽기전에 컴퓨터(글라도스)에 넣는 연구를 진행했고

만약 자신이 연구가 끝나기전에 죽는다면 자신의 조수인 캐롤라인을 강제로 컴퓨터에 넣으라했다.

그리고 실험과정중에 케이브 존슨이 캐롤라인을 부르자 감자도스는 자기도 모르게 똑같이 대답을하고

감자도스는 자신의 정체성에 대해 혼란에 빠진다.

케이브 존슨이 남긴 실험이 끝나고 드디어 첼과 감자도스는 다시 휘틀리를 만난다.

이때 감자도스는 페러독스를 이용해 휘틀리의 두뇌회로를 다 태워버리려했지만

휘틀리는 너무 멍청해서 페러독스 문장인지도 몰랐던지라 통하지않아 괜히 글라도스만 죽을뻔한다.

결국 마지막 작전도 실패한 첼과 감자도스는 휘틀리의 실험을 진행하게 되는데

이놈이 너무 멍청해서 실험하나도 제대로 못만들고 글라도스가 만들어뒀던 실험을 써도 이해를 못하는탓에 흥미를 잃어갈려는 찰나

실험용 안드로이드 로봇 두기를 발견한다. ( 이 로봇들은 포탈2 코옵스토리에 등장하는데 그 스토리는 사서하세요 ^^ㅗ )

로봇도 발견했고 자신의 방에 점점 다가오는 첼을 귀찮게 여긴 휘틀리는 그녀를 죽이려하지만

글라도스도 못죽인 그녀를 저런 멍청이가 죽일수있을리 있나 당연히 탈출한다.

글라도스의 예상대로 연구소의 상황은 좋지 않았다.

휘틀리가 핵융합로 안전장치를 모두 해제하면서 노심융해에 가까워졌고 연구소가 파괴되고있던것

휘틀리의 방에 도착하기직전 불량 코어들을 발견하게되고

이 불량코어들을 휘틀리의 몸에 끼워 시스템이 코어교체를 시작하게하는 계획을 세운다.

그리고 휘틀리의 방으로 향하게 되는데..

그리고 엔딩영상 (브금을 정지하고보세여)