일단 등록문화재가 되면 지원에 비해 의무만 많아진다. 일단 등록문화재로 등재될 경우 유지.관리를 위한 수리비용을 정부로부터 지원받을 수 있고, 건축물이 있는 대지의 건폐율과 용적률 규제를 당해 기준 150% 이내에서 완화.적용받는 한편 재산세 50% 감면 등 세금 혜택도 받을 수 있다. 다만 동국사의 경우에서도 볼 수 있듯이, 일단 증개축이나 사소한 개조도 불가능해지며, 원형을 유지하기 위한 수리임에도 일제 부품이 필요한 상황에 문화재청이 자재는 무조건 국산을 써야 한다며 수입을 거부하는 막장사태까지 일어나서 일개 개인이나 회사의 입장에서는 애물단지로 전락해버린다. 덤으로 문화재 관리실태를 본다고 공무원이 뻔질나게 드나드니 장사를 하는 입장에서는 그냥 꽝. 이런 꼴을 보고 싶지 않다면 지정 전에 파괴해야하므로 등록문화재법이 등록문화재 대상을 파괴하는 역효과를 부르고 있다.
가장 중요한 요인인데, 한 마디로 돈이 안 된다. 등록문화재로 지정될 경우 위와 같이 지원이 들어오긴 하지만 의무가 더 많을 뿐더러, 등록문화재가 있을 만한 곳은 보통 번화가라 건물주들은 언제나 재건축의 유혹에 노출되어 있다. 물론 해당 건물을 남겨둠으로서 관광 자원으로 써먹으면 되지 않느냐는 주장도 있겠지만... 경복궁이나 창경궁 입장료도 내기 싫어하는 사람들이 그냥 서양식 건물이네 하는 곳에 돈 내고 보러 온다고 생각하는 것은 넌센스며, 설령 그런다고 해도 그런 돈은 관리도 힘든 구식 건물을 헐고 새로 건물을 지음으로써 얻는 개발 이익에 비해서는 조족지혈이다. 잊지 말자. 대한민국 등록문화재의 대부분은 사유재산이다.
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위 글은 나무위키에서 등록문화재 제도에 대한 비판을 가져온 겁니다.
한마디로, 등록 문화재로 지정될 조짐이 보이면 소유자들이 지정대상인 건물을 밀어버린다는 건데요, 지정됨으로써 투기할 정도의 이익이 발생한다면 누가 미쳤다고 건물을 밀어버리겠습니까. 지정되면 조되니까 밀어버리는 거죠.